Bernarsamningurinn hefur það að meginmarkmiði að vernda evrópskar tegundir villtra plantna og dýra og vistgerðir sem þarfnast verndar. Hann er ein helsta undirstaða náttúruverndar í Evrópu og hefur haft veruleg áhrif á löggjöf og framkvæmd náttúruverndar í aðildarríkjum, meðal annars hvað varðar skráningu, flokkun, mat og vöktun náttúru. Frá árinu 2021 hefur umhverfis-, orku- og loftslagsráðuneytið haft umsjón með framkvæmd samningsins hér á landi en starfsfólk Náttúrufræðistofnunar á fulltrúa í sérfræðinganefndum hans. Má þar nefna nefnd um framandi ágengar tegundir og nefnd um net náttúruverndarsvæða, svokallað smaragðsnet (Emerald Network). Lífríkisvernd á norðurslóðum (CAFF) er samþykkt á sviði náttúruverndar sem heyrir undir Norðurskautsráðið, þar sem Ísland á aðild. Náttúrufræðistofnun skipar fulltrúa Íslands í stjórn CAFF, auk þess sem starfsfólk stofnunarinnar tekur virkan þátt í störfum sérfræðingahópa innan samstarfsins. Þar má nefna hópa um líffræðilega fjölbreytni, vöktun lífríkis, flóru, gróður, sjófugla og friðlandanet. Á árinu 2024 tóku fulltrúar Íslands, þar á meðal frá Náttúrufræðistofnun, þátt í ýmsum fundum á vegum CAFF. Í febrúar sótti fulltrúi Íslands í stjórn CAFF sótti ráðstefnuna Polar Symposium 2024 í Mónakó, vinnustofu um verndarsvæði í hafi sem CAFF og PAME héldu í Tromsö í apríl og ráðstefnu Norðurskautsráðs um vistkerfisnálgun sem haldin var þar í beinu framhaldi. Sviðsstjóri rannsókna og vöktunar sem leitt hefur starf hópa um fjöru- og þurrlendisvöktun innan CBMP-vöktunarverkefnis CAFF hélt erindi á World Biodiversity Forum í Davos í Sviss í júní. Þá sóttu tveir sérfræðingar stofnunarinnar vinnustofu um vöktun þurrlendisvistkerfa sem haldin var í Kaupmannahöfn í október. Ísland mun taka við formennsku CAFF í maí 2025 og munu fulltrúar Náttúrufræðistofnunar leiða formennskuna næstu tvö ár.
Samningur Sameinuðu þjóðanna um líffræðilega fjölbreytni (CBD) er alþjóðlegur samningur sem nærri öll ríki heims eiga aðild að. Markmið hans er þríþætt: að vernda líffræðilega fjölbreytni, stuðla að sjálfbærri nýtingu lífrænna auðlinda og tryggja sanngjarna og réttláta skiptingu arðs að slíkri nýtingu. Náttúrufræðistofnun hefur tekið þátt í fundum aðildarríkjanna og á fulltrúa í vísinda- og tækninefnd samningsins (SBSTTA). Í maí 2024 tóku þrír starfsmenn Náttúrufræðistofnunar þátt í fundi vísinda- og tækninefndar samningsins (SBSTTA) sem haldinn var í Nairobi í Kenýa. Tveir þeirra sátu einnig fund framkvæmdanefndarinnar (SBI), sem fór fram í beinu framhaldi. Í október fór sextándi fundur aðildarríkja samningsins (COP-16) fram í Cali í Kólumbíu. Fjórir fulltrúar Náttúrufræðistofnunar voru þá í sjö manna sendinefnd Íslands.
AEWA-samningurinn (African-Eurasian Waterbird Agreement) miðar að því að samræma aðgerðir til verndar votlendisfuglum á farleiðum þeirra. Samningurinn nær til flestra fuglategunda sem verpa eða hafa viðkomu á Íslandi. Náttúrufræðistofnun annast framkvæmd samningsins hér á landi í samstarfi við umhverfis- orku- og loftslagsráðuneytið og á fulltrúa í tækniráði AEWA. Þá á stofnunin einnig fulltrúa í alþjóðlegum vinnuhópi um sjálfbæra og virka stjórn gæsastofna (EGMIWG). Á fundi aðildarríkja AEWA-samningsins árið 2022 var samþykkt að færa íslenska grágæsastofninn í hærri verndarflokk vegna versnandi stöðu hans. Í kjölfarið hófst vinna við gerð alþjóðlegrar stjórnunar- og verndaráætlunar í samstarfi við Englendinga og Skota. Sú vinna hélt áfram árið 2024 og koma sérfræðingar Náttúrufræðistofnunar að henni. Í mars 2024 var haldin vinnustofa á vegum verkefnisins í húsakynnum Náttúrufræðistofnunar í Garðabæ og hana sóttu meðal annars fjórir sérfræðingar frá Bretlandi. Þá tók fulltrúi stofnunarinnar einnig þátt í fundi aðildarríkja EGMIWG-hópsins í Tromsö í júní, ásamt öðrum sérfræðingum frá Íslandi.
CITES-samningurinn (The Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) er alþjóðlegur samningur sem miðar að því að stjórna og hafa eftirlit með alþjóðlegri verslun með tegundir plantna og dýra sem eru í útrýmingarhættu. Náttúrufræðistofnun gegnir hlutverki vísindalegs stjórnvalds samkvæmt samningnum. Það felur í sér að veita ráðgjöf varðandi plöntu- og dýrategundir sem ekki falla undir nytjastofna sjávar. GBIF (Global Biodiversity Information Facility) er alþjóðlegt samstarf sem miðar að því að gera gagnasöfn um líffræðilega fjölbreytni aðgengileg á einum sameiginlegum vettvangi á netinu og tengja saman ólíkar gerðir náttúrufarsupplýsinga. Fulltrúi Náttúrufræðistofnunar gegnir hlutverki samhæfingarstjóra (e. node manager) og er það í höndum sviðsstjóra vísindasafna og miðlunar. Hann sótti meðal annars fund Evrópu- og Mið-Asíudeildar GBIF sem haldinn var í Zagreb í Króatíu í maí. Stofnunin deilir hluta gagna sinna um útbreiðslu tegunda á vettvangi GBIF.