Á sviði rekstrar er haldið utan um málaflokka sem tengjast daglegum rekstri stofnunarinnar. Helstu málaflokkar eru fjármálastjórn, mannauðsmál, umsjón með húsnæði, bifreiðum, eldhúsi og móttöku.
Ársreikningur fyrir árið 2024 er birtur í samræmi við ákvæði laga um opinber fjármál. Hann sýnir rekstur Náttúrufræðistofnunar Íslands, Landmælinga Íslands og Rannsóknastöðvarinnar við Mývatn til 30. júní 2024 og rekstur nýrrar Náttúrufræðistofnunar frá 1. júlí til ársloka. Tölurnar eru bornar saman við rekstur þessara þriggja stofnana á árinu 2023.
Áður en jafnvægi næst í rekstri nýrrar stofnunar má gera ráð fyrir ýmsum sameiningarkostnaði vegna yfirfærslu á kerfum, svo sem tölvukerfum og skjalakerfi, sem og kostnaði við mótun nýrrar ímyndar stofnunarinnar. Þar undir fellur meðal annars hönnun merkis, merkingar á húsnæði og bifreiðum, gerð nýs vefs og fleira. Hluti þessa kostnaðar hefur þegar fallið á stofnunina en þessarri vinnu er ekki lokið. Á árinu 2025 má gera ráð fyrir frekari einskiptiskostnaði vegna sameiningarinnar.
Framlag ríkissjóðs til rekstrar nam 1.232 milljónum króna. Sértekjur námu 336 milljónum króna og komu að mestu frá innlendum og erlendum stofnunum vegna verksamninga og ráðgjafaverkefna fyrir einkaaðila.
Stærsti gjaldaliður stofnunarinnar eru laun og launatengd gjöld, samtals um 922 milljónir króna. Aðrir gjaldaliðir námu tæplega 600 milljónum króna.